Um 650 wirkten in unserem Raum iro-schottische Mönche und bekehrten viele zum christlichen Glauben. Dazu bedurfte es einer Taufkirche, ecclesia baptismalis, die an der Biegung des Warinbaches errichtet wurde. Ebenso hatte diese Kirche für Beerdigung zu sorgen und zwar „intra muros“, im Kirchhof, und die Toten wurden mit dem Gesicht nach Osten, zur aufgehenden Sonne bestattet.

Der Bau der heutigen Kirche hat vermutlich die erste, kleine, bescheidene überdeckt. Dafür spricht auch, dass sie als ursprüngliche Taufkirche auch schon an dem Dorfbach stand wie die heutige.
Um den Besitz mehrerer Taufkirchen – darunter auch die Warngauer Kirche – währte lange Jahre ein Streit zwischen dem Bischof Atto von Freising und dem Kloster Tegernsee, der 804 beigelegt wurde.
Davon ist uns die Originalurkunde überliefert, die von dem Mönch Bertharius verfasst wurde.
Darin heisst es ...dicto , Atto episcopus requirens ecclesias baptismales ad suum episcopatum legitime pertinentes, id fuerunt ad Ascuuendingas et ad Hartbenningas, ad Egilingas, Wormgoi.....was übersetzt bedeutet ....als Bischof Atto nach den Taufkirchen fragte, die nach dem Gesetz zu seinem Bistum gehörten, das waren die Kirchen zu Ascholding, Hartpenning, Egling, Warngau...

Die Warngauer Taufkirche  wurde wahrscheinlich bereits 746 dem Kloster Tegernsee bei seiner Gründung von dem Brüderpaar Ottokar und Adalbert, das weite Besitzungen bis nördlich von Freising sein eigen nannte, als Schenkung übergeben.

Die Kooperatoren waren neben der Warngauer Kirche im „Gsellhäusl“ untergebracht . Dieses Haus ist längst abgebrochen und hatte seinen Namen von „Pfarrersgesell“.
Als weitere Filiale ist die Allerheiligenkirche zu nennen, die 1476 erstmals urkundlich erwähnt wird sowie die Kapelle in Reitham, die in der Pestzeit 1644 gebaut wurde.
Mit der Säkularisation 1803 wurden die Filialorte Reichersbeuern und Wall zu selbständigen Pfarreien.
1984 wurden die Pfarreien Ober- und Osterwarngau sowie Wall zu einem Pfarrverband zusammengefasst und 2016 mit dem Pfarrverband Holzkirchen zu einem großen Pfarrverband Holzkirchen Warngau zusammen geschlossen.

Bis um das Jahr 1700 stand hier ein spätgotischer Hochaltar, von dem leider kein Bild vorhanden ist.
Durch die Unvorsichtigkeit des damaligen Mesners brannte der Altaraufbau ab. Dabei konnten nur die Altarfiguren gerettet werden.

Es wurde bald darauf ein neuer Hochaltar - jedoch im Renaissancestil - errichtet.
Bis auf die Altarfassung, für die das zuständige Gericht Wolfratshausen aufkam, konnten durch die Opferfreudigkeit der Ortsbewohner alle entstandenen Kosten bezahlt werden. Allein der Wirt Auracher von Oberwarngau ließ "alle trey geretteten Altarfiguren also ohne einzigen hehler (Heller) beytrag des Gottshaus fassen."
Die drei geretteten, etwa 1,85 m großen Altarfiguren stammen aus der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts.
Sie stellen in der Mitte den Kirchenpatron Johannes den Täufer mit dem Lamm und zu beiden Seiten St. Sebastian und St. Christophorus dar. Über allem steht der gute Hirte.